藏医学历史悠久，具有3900多年的历史。早在远古时代，生活在西藏高原的居民在同大自然作斗争中逐步认识到了一些植物的性能及其用于治疗的经验；在狩猎过程中，又逐渐知道了一些动物的药理作用。相传在公元前三世纪，就有了“有毒就有药”的说法。据《玉妥.云登贡布传》记载，西藏最早流行的一种医学叫《本医》，当时还没有系统的理论，主要靠三种疗法，即放血法、火疗法、涂摩疗法来治病。同时，还用酥油止血，用青稞酒治疗外伤等等原始简单的办法。对于藏医学的起源来说，愈来愈多的人主张由笨教祖师辛饶弥奥齐创造的，因为笨教是青藏高原上藏族人民土生土长的早期宗教，笨教历史学者提到笨教有九大医集，其中包括近期我国四川发现的笨教《丹珠尔》中确有《医方四部》，其内容广泛，有完整的理论体系和丰富的临床经验。也有人认为，在藏王聂赤赞布时期，当时有一种取自动物颅内的，被称为“吐君旺日”的药丸，其记载见于藏医药物学家蒂玛格西丹增平措所编辑的，笨教祖师辛饶弥奥齐的师徒杰布赤西所著的《毒药疗法》之中，至今有目共睹。为此，藏医界的很多专家学者认为藏医药学至今有3900多年的历史。
     公元四世纪，天竺的著名医学家碧棋嘎齐和碧棋拉孜入藏，传播了《脉经》、《药物经》、《治伤经》等五部医典，对《本医》的发展起了积极的作用。七世纪，藏王松赞干布从天竺、汉地及大食分辨清楚三个医生代表三个不同的古代传统医学体系，并译出各自体系的医学著作，其中天竺医生巴拉达扎译出《大小砂粒》、《酥油制备法》，汉地医生韩文杭德译出《伤术论》、大食医生嘎列怒译出《医术文集》、《鸡、孔雀、鹦鹉病治法》。此后，三人共同编撰成《无畏的武器》。文成公主入藏时，带来一些中医著作译出，然后加以编撰成《门介钦莫》（即《医学大全》）。
    藏王赤松德赞时期，藏医有了很大的发展，藏王从西藏邻邦如印度、尼泊尔、汉地、“冲”、“竺固”、“堆布”等地邀请了德高望重的医学家，同他们一起吸收翻译了不同民族的传统医学的著作，并汇总编撰成了现存最完整地藏医学著作，《索玛拉扎》（即《月王药珍》）等等。出现了九大著名医学家，即玉妥.云登贡布、碧棋列贡、吾巴曲桑、齐齐谢布、米娘绒吉、昌提杰桑、聂巴曲桑、冬门塔杰和塔西塔布。其中玉妥.云登贡布最为有名。
    玉妥.云登贡布（708~835年）是吐蕃王朝时期最杰出的医学家，曾担任过赞普的御医，是藏医学理论体系的奠基人。他走遍西藏各地，广泛搜集和研究民间医方，总结民间医药经验，还多次赴内地五台山以及印度、尼泊尔等地，拜中外名医为师，曾邀请著名中医学家东松岗瓦、印度医学家新提嘎瓦、尼泊尔医学家达玛锡拉、克什米尔医学家库雅巴等来藏研讨学术。他结合中外医学成果，编著了三十多部医学论著从而形成了藏医的一整套体系。
     从此，藏医药进入了一个新的发展阶段